O levantamento da diversidade de mamíferos do Gurupi vem sendo realizado desde dezembro do ano 2000, o qual inclui a Reserva Biológica do Gurupi e as Reservas Indígenas adjacentes (Caru e Alto Turiaçu). Esse trabalho também está voltado para avaliação dos problemas ligados à conservação da área, que é por sinal um dos últimos remanescentes da floresta amazônica do Maranhão, o estado com os piores índices de desmatamento de toda a Amazônia (<30% da cobertura original). Basicamente o que restou da Amazônia do Maranhão está na região do Gurupi. Os resultados preliminares do nosso trabalho indicaram a presença de pelo menos 63 espécies de mamíferos, isto sem contar os morcegos. Este número ainda deve aumentar para algumas espécies de roedores. Esse número é bem representativo quando comparado a outras regiões amazônicas. De qualquer maneira a área se mostrou de altíssima importância para conservação, pois apresenta 11 espécies de mamíferos ameaçadas de extinção. Destas destaca-se o cairara-Ka’apor (Cebus kaapori) considerado pela nova lista das espécies brasileiras ameaçadas de extinção como criticamente em perigo, o que quer dizer que ela poderá ser extinta muito rapidamente. Outro macaco, o cuxiú-preto (Chiropotes satanas), também está muito ameaçado. Ambas espécies têm no Gurupi sua principal área de ocorrência, o que quer dizer que, caso a área seja degradada pelas madeireiras e desmatada para pasto para gado, as duas espécies se extinguem.

A fauna de carnívoros da região é bastante diversificada, com 14 espécies, sete das quais presentes na nova listagem do IBAMA. Estes animais, mesmo estando em áreas teoricamente protegidas sofrem perseguições, notadamente os grandes felinos: a onça-pintada e a onça-vermelha. Isto porque estes animais chegam, algumas vezes, a predar o gado das fazendas instaladas dentro da Reserva Biológica, como já pudemos constatar. O Gurupi abriga também as últimas populações de ariranhas no Maranhão. Também presentes estão o cachorro-do-mato(vinagre Speothos venaticus), a lontra, furão, guaxinim e demais espécies de felinos.

Outro ponto de vital importância está no fato da região abrigar a etnia dos Awá-Guajás, um povo semi-nômade que vive em grande parte como seus ancestrais viviam e que também estão ameaçados de extinção pela ganância de madeireiros, fazendeiros e demais invasores, que invadem suas terras na busca por madeira, caça, produtos para indústria farmacêutica (como folhas de jaborandi), e pastagem para gado (inclusive búfalos). Essa etnia que só existe na região do Gurupi conta com uma população de apenas cerca de 250 indivíduos.